Le musée se compose d'un portique sur la façade et de trois salles qui ouvrent sur une cour intérieure occupée par un jardin et bordée de portique. La salle droite est consacrée au passé punique de Lepti Minus. Elle puise ses informations et ses collections des nécropoles puniques qui ceinturaient le site. Parmis les objets exposés, il y a un sarcophage en bois du III ème siècle avant J.-C., des poteries modelées, de la céramique ordinaire et à vernis noir.

La salle gauche consacrée à l'époque romaine, présente des inscriptions funéraires et honorifiques une statue de Trajan, des mosaïques dont une représentant les saisons et l'autre Venus Anadyomène entourée par des Amours, un sarcophage chrétien sur lequel figurent le christ entouré par les apôtres Paul et Pièrre, ainsi que le défunt. La troisième salle ouverte en Mai 1994 en coopération avec l'université de Michigan, présente différents aspects de l'archéologie, l'importance des amphores dans le commerce romain, leur fabrication, les installations hydrauliques, le fonctionnement du système de chauffage des thermes, les tubes de voûtes, des stucs des marbres,les nécropoles romaines et des mosaïques chrétiennes funéraires provenant d'une basilique de souterrain ( région de Leptiminus).